100年前，沙漠之都——迪塞尔市因为神奇宝贝之间的战斗而遭受严重破坏。那场战斗的起因是由于一只神奇宝贝的存在。在这只神奇宝…

在一栋大楼最底层甦醒的13岁少女，瑞吉儿·加德纳(レイチェル・ガードナー)，她没有任何记忆，不知道自己为何在这里，而为了回到…