小智和皮卡丘等人的冒险仍在继续，传说中的宝可梦隐藏的秘密阻挡在他们前的阿兰和神秘的组织的目的到底是什么？最大的危机到来！

心中怀着新的理想告别了合众地方的同伴天桐和艾莉丝，立志成为宝可梦大师的小智带着皮卡丘来到了卡洛斯地方，在卡洛斯地方与新认…

击败了第七道馆的道馆训练家葛吉花后，小智一行人继续以收集齐八枚徽章为目标向映雪市进发。在旅途中，他们遇到了正体不明的绿色…